AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド

【目次】
第1章 概論と基礎知識
1 構造バイオインフォマティクスへの招待
2 AlphaFold2の衝撃
3 AlphaFoldの予測構造を読み解くための基礎知識

第2章 立体構造データの入手と可視化・簡易計測
1 立体構造データの可視化と解析のためのツール
2 各種立体構造データベースの種類と使い方
3 タンパク質の立体構造予測 〜ColabFoldとAlphaFold2〜

第3章 立体構造によるタンパク質の機能推定
1 タンパク質–タンパク質の相互作用予測 〜AlphaFold-MultimerとAlphaFold3〜
2 分子ドッキング法 〜タンパク質–化合物複合体の構造予測〜
3 MDシミュレーション 〜予測構造モデルの安定性や結合の強さを検証する〜
4 構造比較 〜立体構造を検索して比較する〜

第4章 応用・発展的研究
1 タンパク質の構造変化予測　〜AlphaFoldと分子動力学の統合〜
2 タンパク質デザインAIの動向と利用のコツ
3 AlphaMissenseによる変異導入効果予測 〜タンパク質言語モデルと立体構造予測の融合

索引