「数学の地位向上のために国民全員を人質とする」
──学校教育から数学が消えた日本。ドクター・ピタゴラス率いるテロ組織「黒い三角定規」が、数学の復権を要求し日本政府に宣戦布告した。数学オンチの警察の面々は右往左往するばかり。そこに救世主として現れたのは、数学に関しては天才のひとりの女子中学生だった！

数学の復権を求めて日本全国でテロ活動を繰り広げる「黒い三角定規」。対する警視庁の切り札は、なんと中学二年生の数学ガール・浜村渚。その彼女に最大のピンチが訪れる‥‥!! 相模湾沿岸での大量失踪事件の捜査に同行した彼女は、武藤刑事と共に黒い三角定規のキャプテン・ルドルフ率いる海賊団に捕らわれてしまう！ そこで彼女がとった起死回生の行動とは!?