「数学の地位向上のために国民全員を人質とする」
──学校教育から数学が消えた日本。ドクター・ピタゴラス率いるテロ組織「黒い三角定規」が、数学の復権を要求し日本政府に宣戦布告した。数学オンチの警察の面々は右往左往するばかり。そこに救世主として現れたのは、数学に関しては天才のひとりの女子中学生だった！

奈良理科大の世界的数学者である四日市教授が、優秀な同志を求める「黒い三角定規」に狙われているという情報をキャッチし、「黒い三角定規・特別対策本部」の武藤と大山は渚を伴って奈良に向かった。しかし、現地に到着早々、四日市教授の護衛に当たっていた大山と奈良県警の西村が麻酔薬を打たれ、教授が拉致されてしまう。古都・奈良の大学を無体に渚と犯人の知恵比べが始まる！