対話不能の異生物・ガウナに太陽系を破壊された人類の一部は、巨大なる播種船・シドニアで繁殖しながらレム恒星系を目指し、宇宙を旅する。
シドニアの最下層で育った少年・谷風長道（たにかぜ　ながて）は、衛人（モリト）操縦士訓練学校に入学。さまざまな少年兵たちとの関係に翻弄され、地上で初めて出会った少女・星白閑（ほしじろ　しずか）と急速に親密さを増してゆく。
艦長の推挙により、歴史的名機である一七式衛人・継衛（ツグモリ）に搭乗し、ガウナと戦う！


重力祭りの夜、シドニア最強の四人の戦士が飛び立った。だが、対話不能の異生物・奇居子（ガウナ）に唯一効果的な兵器・カビザシを遺失した戦士たちになす術はなかった。奇居子との接触を回避するため、艦長の判断により、緊急加速を行ったシドニアは重力制御を失い艦内に大量の犠牲者を出す。カビザシ回収の為に出撃した長道の勇士に艦内すべての人々は歓声を上げた！