フジキドはニンジャソウル・ナラクを宿したことで、ニンジャを殺す者・ニンジャスレイヤーとして
罪のない人を顧みずソウカイヤへの復讐を続けていた。
それを察知した日本最後のリアルニンジャ、ドラゴン・ゲンドーソーは激闘の末、フジキドの奥底にナラクを封印するのだった。
フジキドのなかの人間性に一筋の光明を見出しイクサから離れるよう伝えて去っていくゲンドーソー。
妻子を、ニンジャの力を、全てを失ったフジキドーー。しかし、すでにソウカイヤは新たな刺客を放っていたのだった!!


邪悪なニンジャソウル・ナラクはフジキドの奥底に封印された。だが、妻子を殺したニンジャへの復讐の炎は消えてはいなかったのだ。ニンジャの力を失い、圧倒的に不利ながらも復讐を続けるフジキドに、ソウカイ・シンジケートは若きニンジャ ドミナントを差し向ける。しかしそれはフジキドの真のイクサの始まりだったーー!!