南半球が人の立ち入れぬ“禁断大陸”と呼ばれるようになって五百年。人類初の渡航に成功し、調査船団『パンドラ』が帰ってきた。しかし、それは人類にとって“絶望”の始まりだった。圧倒的な力で人類を蹂躙し始める禁断大陸から運ばれてきた『新生物』。パンドラの船長の娘ナユタも襲われるが、それを救ったのはダーウィン機関に所属する謎の少年セン！　センは「新生物は北半球も禁断大陸にしようとしている。それに対抗できるのはダーウィン機関だけだ」と世界の真実をナユタに告げるのだった。人類対新生物、生き残るのは!?


大量の新生物を引き連れ、連合国首都『アイギス』へと向かう仮面の男を止めるため、『レイル川挟撃作戦』を実行したダーウィン機関ユーリ隊。謎の霧によって、ハンニバル隊との連絡が途絶える中、発生源を突き止めたセン達だったが、霧を発生させていた新生物は攻略法のわからない“新種”だった！　水でできた体には一切の攻撃が通用せず、劣勢に追い込まれてしまうセンとティオ。“新種”の恐るべき力に対抗する術は!?