高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う“保菌者”によって埋め尽くされてしまった…。蠢く大量の“保菌者”から逃げ切れるのか！？　絶望的サバイバル、開幕！　変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む！！　いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ！

エリックの罠に嵌り、壊滅寸前まで追い詰められた紗月と自衛隊。しかし晴輝やながみの合流、紗月の覚醒もあり劣勢を挽回していく。エリックを取り逃がしたものの、変異体と化した轟や明石を倒し、戦いは晴輝達の勝利に終わる。きららとの再会を抱き合って喜ぶ晴輝…だが、その頃世界は「保菌者騒動」の最終段階へと突入していた…!!