鳥取県。極東の島国、日本の最果てに存在するその秘境は、人口減少により崩壊の危機に直面していた。そんな消滅可能性都市である鳥取県を支えるため、日々奮闘するご当地神「鳥取さん」。忙しなくも平和だった彼の日常は、突如始まったご当地神同士の戦いによって一変する。負ければ人口流出の危機、消滅したくなければ勝つしかない。全ての都道府県を巻き込んだ首都争奪バトル、ここに開幕!!

ハッキングの謎を追って東北地方に進出した鳥取。その最中、急激な人口流出が生じた青森救出へと動き出した鳥取と東北のゆる神たちであったが、突然の宮城の裏切りによって、鳥取は人口データを奪われてしまう！　自らを犠牲に突き進む宮城を止めるため、協力関係を結んだ鳥取と青森が選んだ策とは!?　さらに、ゲームシステムを守るべく東京も動き出し、誰もが予測不能な事態へと突入する──!!