ある日の夜のこと。恐竜博物館の天野研究員は足元にある石にぶつかる。
よく見ると、な、なんとそれは展示されているカメの化石が動いているのだった！しかも話ができる！？カメの化石は「長老」と名乗り、自分の甲羅の化石を探しているとか。その日から夜になると、様々な化石が動き出しはじめた。虫歯を治療して欲しい化石、ケンカをする凶暴な肉食恐竜の化石などなど、夜の恐竜博物館は大騒ぎに！そんな中、博物館によく見学にくる小学生博文と天野は出会う。次第に交流を深める２人だが、博文には悩んでいることがあった。中国人の母親が文化の違いからトラブルになることがあり、それを友達から馬鹿にされていたのだ。争う化石達、悩む博文、それぞれに交流を深める天野研究員が気づいたのは、それぞれ個性があってそれを認め合うということだった…。