はしがき

第1章　物理学者からの問いかけ
　　1-1　遺伝情報を担う物質
　　1-2　残された半分の問い
　　1-3　情報ソフトマター

第2章　情報ソフトマターとしてのクロマチン
　　2-1　クロマチンの柔らかい情報処理
　　2-2　Hi-C 法で見るクロマチン構造
　　2-3　コンパートメント、ドメイン、そしてループ
　　2-4　ヌクレオソーム凝縮原理：顕微鏡で見るクロマチン構造
　　2-5　ループ押し出しか？ ループ捕獲か？
　　2-6　染色体配置はテリトリー型か？ ラブル型か？
　　2-7　クロマチンの階層構造

第3章　クロマチンは動いている
　　3-1　酵母細胞のゲノムシミュレーション
　　3-2　生細胞イメージング
　　3-3　クロマチンのアクティブな運動
　　3-4　ドメイン形成の理論：
　　　　　コヒーシン動的二量体によるループ捕獲仮説

第4章　クロマチンの動きがつくる階層構造
　　4-1　これまでの理論とその限界
　　4-2　粗視化されたクロマチン領域間の相互作用
　　4-3　動きの違いがもたらすクロマチン相分離
　　4-4　クロマチン相分離による階層構造の形成

第5章　生命のソフトな情報処理
　　5-1　転写ハブ，そして転写ファクトリー
　　5-2　ヒストン修飾とドメイン
　　5-3　遺伝子ネットワークの非線形ダイナミクス

第6章　揺らぎの中に生命を見る

　参考文献
　索引（物理科学・統計科学）
　索引（生物学・生物物理学）

【ノート】
　細胞と量子力学
　揺動散逸関係
　細胞周期
　Levinthal パラドクス
　ロジスティック-LASSO 回帰
　RNA ポリメラーゼ II
　超解像顕微鏡
　Fluorescence in Situ Hybridization（FISH）法
　Asakura-Oosawa メカニズム
　Auxin-inducible Degron（AID）法
　Richardson-Lucy 法
　最大エントロピー（Maximum Entropy）法
　相分離と相転移
　タンパク質フォールディングの粗視化モデル
　MS2-MCP 法
　断熱極限
　Gillespie アルゴリズム