錬金術師のオイゲンは亡き師匠の娘エリーと婚約し、受け継いだ錬金工房を一生懸命もり立てていた。しかし、一人の新人錬金術師スタリオンを雇ったことで状況が一変する。
突然言い渡されるエリーからの婚約破棄、さらに工房をスタリオンに一任すると言いだし、あえなくオイゲンは身一つで追い出されてしまう……。
全てを失ったオイゲンだが、錬金術の情熱を忘れず新たな仲間とともに幸せな生活を送る、ＮＴＲ錬金術師の心機一転ストーリー。