『日本海草図譜［改訂版］』の大きな特徴は、
①2007年刊行のオリジナル版において潮水汽水に常在する“準海草”としたものを海草として扱ったこと
②APG分類体系Ⅳ（2016）と国際藻類・菌類・植物命名規約（2018）に準拠したこと
③著者らの葉緑体rbcL遺伝子をマーカーとしたオモダカ目の系統解析を踏まえて改訂を行ったこと
④本のサイズを書棚への収録を考慮してＡ３判（横297mm×縦420mm）からＡ４判（横210mm×縦297mm）としたこと
である。

こうした改定のもと、本書では日本列島沿岸海域に分布するすべての海草、１目５科12属28種１変種４雑種を収録した。そして、できうる限り生きた状態のサンプルを用いて精細に記録することをめざした。本書で用いたスキャナによる植物の記録、あるいはサンプルを水中に保持して透過光で撮影する方法などは、著者らが開発した手法であり、今後多くの研究分野で利用されるであろう。そのためスキャナによる記録手法についても記述し、研究手段の１つとして活用できるように配慮した。
日本列島沿岸海域に生育する海草の多くは、太平洋とインド洋に広く分布することから、本書の情報は特に日本の近隣諸国で海洋生物学、海洋生態学、保全生物学、海洋生物資源学、あるいは水産学の調査と研究に大きく役立つものと考える。本書はその目的を果たしうるように図版の精度を高めると共に、科、属、種の解説を和文と英文で記述し、海外での利用を容易にするように考えた。

このように本書がアジア、インド・太平洋地域の海草に関する学術研究の国際交流に対して果たす役割はきわめて大きいといえる。