米太平洋艦隊の奇襲という難を逃れ、復興が進む水無月島。
そこに南雲中将率いる第一航空艦隊、そして新鋭機の二式陸攻・泰山が到着した
ZZ作戦と銘打たれた計画の役者が揃い、帝国艦隊の報復が始まる。
それは真珠湾攻撃を目眩しに、アメリカ西海岸・サンディエゴ軍港を渡洋攻撃するというものだった。
空爆に成功し、ガラパゴス諸島へと南進する艦隊から注意を逸らすべく囮となった〈大和〉と〈比叡〉。
置き捨てとなった寡兵の駒にスプルーアンス率いる第一六任務部隊が襲い掛かる。
一方その頃、水無月島では自然界による逆襲が胎動し始めて……？