原子力を用いて、重装甲や高速化など驚異的な進歩を遂げた戦艦大和。帝国海軍はその技術を活かし、同型艦である戦艦武蔵を竣工させる。さらに零戦改の開発や電探の実戦装備、対空兵器を強化し、バリ島攻略のため武蔵を中心とした異色の艦隊を出撃させる。

これに対し、日本側に空母無しと判断したABDA艦隊指揮官ドールマン少将は、勝利を確信し攻撃隊を出すが、そこに待ち受けていたのは、帝国海軍の秘密兵器であった。確実に覇権を広げつつある日本は、さらなる攻撃目標をニューカレドニア島ヌーメアと定め、米豪遮断作戦を遂行すべく戦艦大和と戦艦武蔵の新鋭原子力戦艦部隊を派遣するのであったが……。