2036年気候変動や争いにより人類存続の危機が迫る。政府は人々の意識をバーチャル世界、Kyu-KyoKuに移管、肉体を冷凍保存することで人類存続を目指していた。肉体と意識を持ったまま、恋人のカオルコと生きたいと願う風次は、まったく違う世界で別の人格として生きるリアルな夢を頻繁に見ていた。
2221年、統合され平和な世界で生きるフータも、風次が生きる2036年の世界の夢を見ていた。痛みも感覚もなく体を徐々に消し去る謎のウイルス“KYOMU”が2221年の世界で流行。夢で見たサインに導かれ仮想空間へ移行すると、ライジと名乗る、風次の死んだはずの兄・雷太と出会う。ライジから、Kyu-KyoKuは権力者が世界掌握のために創った世界であること、この世界がKyu-KyoKuの中であり、フータは風次のアバターであること、KYOMUは、虚構の世界を破滅させるため雷太が仕掛けたウイルスであること、そして、ウイルス発動の鍵を握るのが自分であることを告げられる。
破壊され重なっていく二つの世界。気づくと風次は、世界が生まれる”以前”の場所にいた。宇宙はひとつの愛でできていた。愛を解き放つ祈りこそがすべてのプログラムの始まり。この世界を創るのは自分自身だった。