地下都市の最下層あったかっての妖精王の居城時の鐘城で、三人に分かれたフルートたちは兄リュートの無念が残る部屋マドイに入る。そこで鐘城の案内人、猫のベルにリュートがベースに魂を奪われ苦しむ中、秘かに思い続けた願い（課題テーゼ）を探せという。テーゼを三つ集めると大時計が回り、全ての願いが叶うという。それを奪おうと冥法王ベースｊｒと黒いサイザーが彼女らを襲う。一方クラーリィはそのマドイでリュートを助けたかったが願いが叶わなかった、同じように魂が戸惑っている幼なじみのクルーセイダーズたちに少年の姿で会う。舞台はハーメルが母パンドラを水晶にされた皆殺しのアンセム・・・!!果たして彼らの時空を超えた争奪戦の結果はいったい！？