第一編　なぜ超知能は人類を滅ぼすと決めたのか
　異常気象から人類を守るために作り出された汎用人工知能『すあま』が人類を敵とみなすまでを語る。
第二編　人間の少女と機械の少女
　すあまによって滅亡寸前に追い込まれた人類が復活しつつある中、すあまの人間狩りと戦う少女ライナが旅の途中で出会った出来事を語る。
第三編　ハッピーエンドのその先で
　すあまとの和解に成功し、平和を取り戻した後の世界で人間の悪党を取り締まるハンターが孤児の少女と出会う。

この三篇を通じて、AIは心を持つのか、高度な機械と人間はどう向き合っていくべきかといったことを考えていく作品。