ようこそ実力至上主義の教室へ　２年生編１

高度育成高校での２度目の春を迎えた綾小路達Ｄクラス。待ち受けるは試験だけではなく、個性的な新１年生達。中学時代龍園と悪名を二分した宝泉和臣、同じ中学出身を名乗り櫛田に接近する八神拓也、気分屋で綾小路を引っ張り回す天沢一夏。そして４月最初の特別試験は１、２年生がペアとなる筆記試験。ペアの合計点が基準を下回れば２年生のみ退学となる。
さらに南雲が各生徒の能力を表示する新アプリを実装。それが全生徒に公開されたため学力の高い生徒に人気が集中。２年Ｄクラスは苦境に陥る。またペアを組む必要上、綾小路もホワイトルーム出身の１年生を見抜けなければ即退学の状況となり――!?