四神の二柱であるアクイラータとフレイレスの前に突如現れた邪神ちゃんことアルフィア・メーガス。邪神戦争時を凌駕する能力を身に付けた彼女は、いとも簡単に二柱を倒し、管理権限を回収する。そして完全体となったアルフィアは、世界の再生を図るべく次の行動に入るのだった。
一方、ルーダ・イルルゥ平原での用事を済ませたゼロスとアドは、ケモ・ブロスと別れ帰途につくのだが、その際に巨大な地震に遭遇する。この世界では地震はとても珍しく、嫌な予感がした二人は急いでサントールの街を目指すが……。
勇者召喚により大量の魔力が失われ魔力枯渇に陥っていた世界を再生するため、魔力循環を行うアルフィア。そのため世界各地で地殻変動が発生し、同時に新たな秩序や法則がもたらされるのだった。新時代へと突入するこの世界で、はたしてゼロスはどう立ち回るのか!?