狩人見習いの少年カガリは、毒に沈んだ地上を逃れて巨大な樹の上の集落で暮らす世界で、代々伝わる詩の勉強をするかたわら伝書鳩を育てている少女イズナとともに、子竜ラキと友達のように暮らしている。新たな樹へ移住するための訓練を続けるカガリは、ある日、狩りに旅立った年上の少年マサキたちが、敵の竜の襲撃を受けて大けがを負ってしまう。カガリの生まれ故郷を滅ぼし、両親の命を奪った存在の竜に対して、同じ竜の力で対抗しようと考えた大人たちは、ラキを機械で無理やり成長させて竜と戦わせようと目論む。機械を探すことになったカガリとイズナは、出会った賢者の口から、竜の生態とカガリの生まれ故郷が竜に滅ぼされた真実を知り、激しく動揺する。大人たちが待つ大樹を守り次の移住先のために竜と戦うのか。竜と共存し争いを避けるために力を尽くすべきなのか。少年少女が自ら選んだ未来とは？