彼女は彼が好きで、彼は別の彼女が好きで、でも彼女が好きな人には恋人がいて……そういうありふれた三角関係に、合成人間どもの異形なる死闘が──逃げ続けて隠れる者と、それを追いながらも己の恋のみを追い求める者と、そいつらを喰いものにしている怪物と──奇怪なる三角形が重なるとき、そこにひとつの質問（クエスチョン）が生まれる……
「ブギーポップってなんだよ？」
　憶えていること、忘れてしまったこと、消えてしまった愛と、友情と、夢と──答えの見えない問いかけを巡る、これは想い出せそうで、でも決して想い出せない物語。死神をさがしながら、消えてしまった過去をたどる少女たちの運命の先にあるのは、解放か、あるいは沈黙か……？