『遠い日の水音』 ── 西暦二〇四六年、秋。新生 ≪ネガ・ネビュラス≫ の一員となったシルバー・クロウことハルユキだが、とある過失でバーストポイントを急激に減らしてしまう。窮地に立ったハルユキに、タクムは加速世界の ≪用心棒≫ を雇うことを提案する。　『最果ての潮騒』 ── 西暦二〇四七年、春。新入生のバーストリンカー・能美征二による策略によって、かつてない危機に陥ってしまったハルユキ。それと時を同じくして、黒雪姫は修学旅行先の沖縄で、奇妙なバーストリンカーに≪対戦≫を仕掛けられていた。　『バーサス』 ── 西暦二〇四七年、春。ハルユキはブレインバースト内で、黒い剣士の姿をしたアバターと出会う。仮想デスクトップには、≪KIRITO≫ という表記で……。次元の壁を越えて、二人の主人公が激突する！