キリトが謎のファンタジー世界に入り込み、ユージオと出会って二年が過ぎた。≪北セントリア帝立修剣学院≫の≪上級修剣士≫となった二人は、人界最強の秩序執行者≪整合騎士≫目指し、修行の日々を過ごしていた。　≪上級修剣士≫のキリトとユージオには、身の回りの世話役があてがわれる。キリトにはロニエ、ユージオにはティーゼ。四人は互いに絆を結び、充実した修士生活を過ごしていた── その時。　突然、≪悪意≫はやってきた。　ロニエとティーゼが、≪上級修剣士≫の下劣な貴族達の罠に嵌められる。それを知ったユージオは彼らに対して剣を抜こうとするも、教会への信仰心で身体が動かない。その時、ユージオの右目に凄まじい激痛が貫き、奇妙なしるしが浮かび上がる。　それは、ユージオには読めない神聖文字の羅列だった。　── 【SYSTEM　ALERT】。