対話不能の異生物・ガウナに太陽系を破壊された人類の一部は、巨大なる播種船・シドニアで繁殖しながらレム恒星系を目指し、宇宙を旅する。
シドニアの最下層で育った少年・谷風長道（たにかぜ ながて）は、衛人（モリト）操縦士訓練学校に入学。さまざまな少年兵たちとの関係に翻弄され、地上で初めて出会った少女・星白閑（ほしじろ しずか）と急速に親密さを増してゆく。
艦長の推挙により、歴史的名機である一七式衛人・継衛（ツグモリ）に搭乗し、ガウナと戦う！
衛人を象ったガウナがシドニアに襲いかかる。そのコックピットには人の姿をしたエナ（胞衣）がいた。ガウナの目的は何なのか？ なぜ、シドニアを襲うのか？ガウナに唯一効果的な兵器・カビザシはなぜ、二十八本しか備蓄していなかったのか？シドニアの過去に何があったのか？ 謎が次々と解き明かされるとともに、長道の運命が激しく動き出す！
