副題の「Before the fall」とは、『進撃の巨人』本編第1巻で語られる「ウォール・マリア陥落の前」を意味する。物語は、エレン達が活躍する『進撃の巨人』本編の時代から約70年前から始まる。壁の中に進入を許してしまった巨人の吐瀉物の中から、一人の赤ん坊が発見された。やがて成長し、キュクロ（巨人の子）と名付けられた少年は数奇な運命を辿る。そして、彼は未だ巨人と戦うすべを持たなかった人類に希望をもたらす存在となっていく──。


調査兵団再編に半生を捧げた英雄ホルヘ、巨人に復讐するために「立体機動装置」開発への執念を燃やしたアンヘル、愛する者を奪った外地を目にしながらウォール・マリアを守り続けてきたマリア──幾多の想いを背負ってカルロ隊長とキュクロら新生調査兵団は不穏な天候の中、ついに壁外遠征に出立する。だが、新班長に任命されたローザは未だ知らない。これが絶望と隣り合わせの長い一日の始まりだということを。