数多の武芸者が”最強”を求め命を懸けた伝説の武芸仕合『海原大仕合』から２年。『海原大仕合』で天下無双と謳われた千石伊織の元に徳川幕府より、戦いへの誘いが届く。敵は幕府が”最強”を決めるため選んだ武芸者たち、その名は”幕下百剣”。伊織に付き従うのは、剣に魅せられた一ノ瀬家の娘・蘭。いずれも一騎当千の強者たちを相手に、千石伊織の新たな戦いが幕を開ける！！


辿り着いた宿で、蘭は剣士として生きる力を求め伊織に教えを乞う。だが伊織もまた雷桜に苦戦したことで、迷いの中にいた。そんな伊織を、息つく間もなく新たな百剣士が襲う！　番付五十四番の大林一姫と、三十余名の手練れに囲まれた伊織。そして鬼神の如く剣を振るう伊織の前に、さらなる強敵が現れる！！