人類の守護者・竜神戦隊ドラゴンキーパーVS.世界征服を企む悪の軍団・怪人。彼らは互いの存亡を懸け、死闘を繰り広げ続けている！！……というのは、やらせの茶番劇。他の星から侵略してきた怪人達は、わずか１年で屈服。民衆の前で敗北を演じ続ける道化と化していた！悪者にすらなれず、隷従させられ続ける日々。そんな状況を覆すべく、一人の怪人が最強の大戦隊を相手に反旗を翻す！

怪人幹部ペルトロラの介入により、消化不良ながらもブルーキーパー討伐＆青の神具奪取に成功したD。パイロンの試験も無事突破し、正隊員昇格も達成！　同期の薄久保と共に配属されたのは裏怪人討伐専門「グリーン部隊」。次なる標的は、グリーンキーパー＆街に潜む新たな怪人幹部！　バレたら終わりの潜入作戦再び！　街を騒がせる「神隠し」事件の謎を追え！！