小学6年生の神喰命は「かしこく、正しく、冷静に！」がモットーの優等生の女の子。
ある夜、塾の帰りに『古事記』をかかえた男の子・大和タケルと出会う。そのころ学校では、ある噂が広がっていた。「ブルームーンの夜、博物館で三種の神器をそろえると、世界を書きかえられる」。噂を本気で信じる大和に導かれ、命は夜の博物館へ足をふみ入れる。だが、そこにはすでに三人の同い年の男女が集まっていた。突然現れた、謎の仮面の人物が「命をうばう以外、何をしてもゆるされる」とゲームの開始を告げる。おそいかかる展示品に、手段を選ばないライバル。夜の博物館でくり広げられる、三種の神器争奪戦！

逃げるか、だますか、奪うか。最後に世界を書きかえる力を手にするのは、誰だ――！？