人類は防衛の拠点を宇宙ステーションへと移し、無限に繁殖し続ける宇宙植物と終わりなき戦争を繰り広げていた。ウルクナルの勧誘を受けてアルカディア連邦宇宙軍へ入隊したエヴァは、人類の叡智の結晶である機体、第三世代型戦闘用外骨格フルスペック・ファントムに乗り、友人であるターニャらと共に前線を維持していく。しかし、停滞していた日々は突如として終わりを迎える。史上最大の重力震を観測した直後、宇宙植物が銀河系中心方面の太陽系外縁に出現する。それらの数はこれまでの比ではなく、更に新種まで出現するという異常事態だった。窮地に追い込まれた人類の中、ウルクナルはただ一人で宇宙植物の中枢へと向かう。人類に訪れる結末とは感動のクライマックス！