世界に魔法をもたらした存在である「魔女」。66年に一度の暁祭の夜、魔女に依り代として捧げられた少年・マホロは、不思議な丘でふたりの少女と出会う。マホロがシラユキと名付けた少女は「迎えを待っているのよ」と言い、ウテナと名乗るもうひとりの少女は、依り代が辿る運命と、魔女への壮大な反乱計画をマホロに語るが……。
一方、ついに再び魔女のもとへと辿りついたヒマワリたち。世界から魔法を消し去るため、とある秘策を実行に移すヒマワリたちの前に、はるか昔に魔女を守護したと言われる伝説の存在「薔薇の騎士」が立ちはだかり!?
竜×兵器×少年の疑似家族が紡ぐ王道ファンタジーシリーズ、終結章・後編!