伐（バツ）の持つクリスタル・チップは、米軍の日本人管理施設・ZOO（ズー）の下にある世界最大のコンピューター“ジパング”の一部だった。機密を知ったゲオたちはZOOから逃走するが、隠れ家が軍の襲撃に遭ってしまう。仲間とはぐれたゲオは、反ZOO派に拾われるが、そこは「黙示録ジパング」と、救世主（メシア）とされる双子・紗球那耶（シャグナーヤ）と雅羅沙（ガラシャ）が支配する世界だった。一方、ZEROの世界の友也たちは、黙示録をモチーフにしたゲーム「プロジェクト・ジパング」にハマり始め…？