ザイバツに囚われてしまったユカノ。
その彼女を賓客として迎えるザイバツのグランドマスター、パラゴンは、
ユカノにロードの尊さ、ザイバツの理念、そしてニンジャ千年王国について熱く語る。
その内容にユカノは、大きく惑わされてしまうのだった。
その夜、ユカノの寝所にタカギ・ガンドーが現れる。
ニンジャスレイヤーの友達と挨拶したガンドーに驚きつつも、ユカノは彼の話に耳を傾けるのだった。
数日後、ユカノとの連絡手段を確保したニンジャスレイヤーとガンドーは、
ユカノとキョート城への侵入、そして彼女を救出する計画をまとめる。
そうして迎えた侵入計画決行の前夜、眠るユカノの夢の中にとあるニンジャが現れ、
彼女にニンジャスレイヤーに関わる不吉な予言を語り始めるのだった――。