雲雀小学校6年の木花ヨキ、多児ミコト、櫛田キクリの仲良し3人組は、夏休みに街の七不思議を探検していた。

そうしてヨキは七不思議の一つ「ノッポマン」と遭遇する。
なんやかやあり、探偵をしているというノッポマンことライモンの助手として弟子入りしたヨキは、
ライモンが使う「ナイショ道具」にワクワクする夏休みを満喫していた。

そんなある日、ヨキは夏休み直前に転校してきた海馬フタハに拉致監禁されてしまう。
しかし夏の暑さに耐えられなくなったフタハの頭から煙が！？
なんとフタハは、22世紀の未来から来たロボット、しかも2人（？）のハツカネズミ兄弟が操縦していたのだ！！

街の七不思議、未来からの訪問者達、ナイショ道具、そして少しずつ明かされる世界の秘密。
ヨキ達の七不思議を探す冒険の夏休みは、何やらちょっと不穏な気配が漂い始めてきて……。