宿敵ダークニンジャに与する運命者、マスタートータスとの大イクサ！
謎に満ちた運命者との決着は！？

三種の神器が一つ、聖なるヌンチャクを巡るイクサは、
運命者の一人、マスタートータスとの大イクサに発展する。
ニンジャスレイヤーに向け、数々の攻撃を放つマスタートータス。
その猛撃に苦戦するニンジャスレイヤーは、
再び己の中に棲まうニンジャソウル、ナラクとの融合を果たす。
そうして聖なるヌンチャクの力を使いこなし、ニンジャスレイヤーはマスタートータスを倒すのだった。

その頃、地上、キョート・アッパーガイオン・オミヤゲストリートでは、
デスドレイン率いる極悪犯罪ニンジャ集団がモータルに殺戮の嵐を叩きつけていた。
それを止めるべくザイバツ・シャドーギルドは、ニーズヘグとダークニンジャを送り込む。

雅で奥ゆかしいキョート市街にニンジャのカラテシャウトとイクサの調べが響き渡るーー。
勝利の凱歌を上げるのは、果たして！？