舞台はキョートからネオサイタマはネオカブキチョ、ニチョーム・ストリートに！
儚き美少女ニンジャ、ヤモトコキ参戦！！

デスドレイン一味とのイクサに勝利したダークニンジャ、ザイバツにガンバルゾーの声が響き渡り、
とあるキョートの片隅では、青年カタオキがニンジャ、シルバーキーとして覚醒する！

そして舞台はキョート、ガイオン・シティからネオサイタマ、ネオカブキチョのニチョーム・ストリートに！
そこには街を密かに護るニンジャ、ネザークイーンがいた。
その正体は、ゲイバーを営むオネエ、ザクロ！
このゲイバーにアンニュイな雰囲気を纏う美少女の姿があった。
名を、ヤモトコキ、彼女もまたニンジャである。

ニチョームを覆う陰謀を解決すべく動きだしたヤモトとネザークイーン。
そこへニンジャスレイヤーとシルバーキーが深く関わっていく……。
果たしてネオカブキチョに平穏は訪れるのか？　
そしてキョートからネオカブキチョに現れたニンジャスレイヤーの目的とは！？