養護教諭・奇野妖乃が今回赴任した学校の校庭の地下には、＜古代生物ネバネバ＞が眠っていた。しかし、争いの声に反応し目覚めたネバネバは、争いを起こす人類は地球にとって害、と判断。人に寄生し、人から人へ伝染し、いずれは人類を絶滅させるつもりらしい。まずは子どもから、と黒乃の活躍（？）で一人目の寄生に成功したネバネバ。寄生した子どもたちを操り、学校中の子どもに次々と寄生していく――。妖乃特製アイテム＜すりぬけ仮面＞＜ことのはチョーカー＞＜豆本ハートシェルター＞＜クールコンコン＞＜ガーディアン・ガーデン＞の行く末は……？　子どもたちの＜やわらかな心＞を守り、ネバネバの目的を阻止するため奮闘する妖乃だが、それでもネバネバは止まらない。この大ピンチ、妖乃先生、どうする!?　シーズン２、感動のフィナーレ!!