日本に初めて博物館を創り、
知の文明開化を成し遂げた挑戦者！
幕末の巴里万博で欧米文化の底力を痛感し、
武力に頼らない日本の未来を開拓する男がいた！

日（ひ）の本（もと）にも博物館や動物園のような知の蓄積を揃えたい！
黒船の圧力おびただしい幕末。信州飯田で生まれ育った田中芳男は、巴里で行われる万国博覧会に幕府の一員として参加する機会を得た。その衝撃は大きく、諸外国に比して近代文化での著しい遅れを痛感する。
軍事や産業を中心に明治維新が進む中、日の本が真の文明国になるためには、フランス随一の植物園ジャルダン・デ・プラントのような知の蓄積を創りたい。
「己れに与えられた場で、為すべきことをまっとうする」ことを信条とする芳男は、同じ志をもつ町田久成や大久保利通らと挑戦し続け、現代の東京国立博物館や国立科学博物館、恩賜上野動物園等の礎を築いていく……。