『日本建国の秘密　ヒボコ編』の姉妹編。同著に提示した内容を受け、それを神の経綸「一厘の仕組」の観点より掘り下げる。およそ千八百年前に日本建国の祖が登場した。その出来事の今日的意味や人類史との関連を明らかにすることが、本書の目的である。
国祖アメノヒボコの正体が正史『日本書紀』において消されてしまった経緯については、『ヒボコ編』にて明らかにした。ここに至って知りたくなるのは、日本建国という出来事と国祖アメノヒボコという存在の世界史的な意味である。『ヒボコ編』では歴史作家・関裕二氏の著作群から得られた「関裕二史観」にお世話になった。だが、『ヤコブ編』は筆者オリジナルの物語となる。関裕二史観では、国祖アメノヒボコの本質が「イスラエル（の霊）」であるという視点がなかったからである。「イスラエル」というのは霊の世界の話なので、関裕二史観には登場しないからだ。