室町時代から戦国時代にかけて隆盛を極め、明治期まで存在した学問所・足利学校。
同校は儒学・易学・医学・兵学などを学ぶ場として全国から学徒が集まり、16世紀に来日した宣教師フランシスコ・ザビエルが「日本国中最大にして、最も有名な大学」と記したほどの存在でした。

16世紀半ば、動乱の戦国時代。全国から軍師や医師を志す者が集う足利学校に、一人の青年・九益が門を叩く。師と仰ぐ九華のもと、易学や儒学の修行に励む九益だったが、時代の荒波は学び舎を放っておかなかった。
北条氏による恣意的画策、学校を襲う大火災、そして未曾有の大洪水……。度重なる危難に直面しながらも、九華と学徒たちは、知恵と信念を武器に貴重な典籍と「学び」の伝統を守り抜こうと奔走する。
室町幕府の終焉という歴史の転換点を背景に、師弟の交流と別れを情熱的に描いた物語。