もうすぐ十歳になるミコ。まちにまった誕生日の朝、なんと世界中から時計が消えた！ミコの大事な目覚まし時計りんりんちゃんも見あたらない。時計がないので朝の支度が遅れたミコは、学校へ遅刻してしまった。
学校について教室に入ると、転校生の時野メグミがやってきた。
時計がなくても時間がわかるという、ふしぎな転校生・時野メグミ。
メグミが話す時間に関する話やメグミが起こすいろいろな現象に、クラスのみんなは引き込まれていく。
親友のアサコからもらった誕生日プレゼントは目覚まし時計。おかしなことに、誕生日プレゼントの中身が、時が経つにつれてどんどん重く感じるようになってきた。
ミコは家に帰り、お母さんに学校で起こった不思議なことを話して、自分の部屋に戻った。すると、ミコのベットの上にメグミがすわっていた。
メグミは、学校で起こった時に関する不思議なことや誕生日プレゼントの中身が重くなっていく理由をミコに説明した。
すると、ミコは何かに気づいた・・・・・。