第Ⅰ部 生き物についての大きな問いを考える
1 章 実際の空間から見た生物と配列空間から見た生物
2 章 生物学と物理学の関係について
第Ⅱ部 生物の多様性について考える
3 章 生物の機能を担うタンパク質の立体構造
4 章 ゲノム処理を支える分子装置
5 章 生体膜と膜タンパク質
6 章 生体におけるシグナル伝達と酵素による代謝反応
7 章 システムバイオロジーとタンパク質立体構造の予測
第Ⅲ部 ランダム変異による生物の秩序構造形成を考える
8 章 物質と生物における秩序形成
9 章 膜タンパク質の高精度予測システムSOSUIによる
タンパク質分布の解析
10章 変異シミュレーションによる膜タンパク質割合の変化
11章 塩基組成空間におけるハビタブルゾーン:生命の相図
12章 生命の相図とタンパク質分布の関係
第Ⅳ部 生命の相図に基づいて進化を考える
13章 種の定義と進化の謎
14章 生物における深い階層性とさまざまな突然変異の関係
15章 生命の相図によるウイルスの解析,および残された未解決問題