解説とQ&Aでわかる 電子帳簿等保存制度の実務（改訂版）

第１編　解説編

＜電子帳簿保存法の概要（基本構造）＞
１　国税関係帳簿書類の電磁的記録による保存制度
２　スキャナ保存制度
３　国税関係帳簿書類のCOMによる保存制度
４　電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存制度

＜電子帳簿保存法の制定及び改正の経緯＞
１　電子帳簿保存法の制定（平成10年度の税制改正）
２　スキャナ保存制度の創設（平成16年12月の改正）
３　スキャナ保存制度における要件緩和等（対象に３万円以上の領収書等を追加等）の大幅な見直し（平成27年度の税制改正）
４　スキャナ保存制度における社外でのスマートフォン等による保存の認容等の見直し（平成28年度の税制改正）
５　過去分重要書類のスキャナ保存の整備、承認申請手続の簡素化等の見直し（令和元年度の税制改正）
６　電子取引を行った場合の電磁的記録の保存要件の緩和（令和２年度の税制改正）
７　帳簿書類等を電子的に保存する際の手続の抜本的見直し（令和３年度の税制改正）
８　タイムスタンプ付与の要件の整備、電子取引に係る宥恕措置の整備（令和４年度の税制改正）
９　優良電子帳簿の範囲の見直し、スキャナ保存制度の要件緩和、電子取引に係る保存要件の緩和（令和５年度の税制改正）
10　電子取引の取引情報に係る電磁的記録に係る重加算税の加重措置の見直し（令和７年度の税制改正）

＜用語の意義＞
１　国税関係帳簿書類
２　国税関係帳簿書類の保存義務者
３　電磁的記録
４　電子計算機処理と訂正・削除・入力
５　スキャナ
６　COM
７　電子取引

＜制度の具体的内容＞
一　国税関係帳簿書類の電磁的記録又はCOMによる保存制度及び優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置
１　制度の概要
（1）国税関係帳簿書類の電磁的記録による保存制度
（2）国税関係帳簿書類のCOMによる保存制度
（3）優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置
２　制度の対象となる帳簿書類
（1）正規の簿記の原則又は複式簿記の原則に従って記録されている帳簿
（2）「自己が」作成する帳簿書類
（3）「最初の記録段階から一貫して電子計算機を使用して作成する」帳簿及び「一貫して電子計算機を使用して作成する」書類
（4）対象帳簿書類の具体例
３　制度の適用を受ける際の保存等の要件
（1）国税関係帳簿書類の電磁的記録による保存等の要件
（2）国税関係帳簿書類のCOMによる保存等の要件
４　優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置
（1）対象となる優良な国税関係帳簿の範囲
（2）対象となる優良な国税関係帳簿の保存等の要件
（3）対象となる優良な国税関係帳簿に係る電磁的記録等の備付け等が行われる日
（4）この措置の適用対象となる本税額
（5）電磁的記録等による保存等の承認を受けている国税関係帳簿についての優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置の適用関係

二　国税関係書類のスキャナ保存制度
１　制度の概要
２　制度の対象となる帳簿書類
（1）「スキャナ」によりその記載事項を記録する書類
（2）対象となる国税関係書類の具体的範囲
（3）対象書類の具体例
３　制度の適用を受ける際の保存等の要件
（1）入力要件（入力期間の制限）
（2）電子計算機処理システムの要件
（3）スキャナで読み取った書類と帳簿との相互関連性の確保
（4）見読可能装置の備付け等
（5）検索機能の確保
（6）電子計算機処理システムの概要書等の備付け
（7）一般書類に係るスキャナ保存制度の適時入力方式
（8）災害その他やむを得ない事情に係る宥恕措置
（9）過去分重要書類のスキャナ保存
（10）要件に従ってスキャナ保存が行われていない場合の国税関係書類に係る電磁的記録の保存措置

三　電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存制度
１　制度の趣旨
２　制度の概要
３　保存義務者
４　保存対象となる情報
５　保存方法
（1）保存場所及び保存期間
（2）保存の要件等

四　各税法その他の法令の適用
１　各税法の記帳・記録保存制度との関係
２　国税関係帳簿書類に係る電磁的記録又はCOMに対する各税法の規定の適用
３　電子取引の取引情報に係る電磁的記録に対する各税法の規定の適用
４　青色申告等に関する規定の適用
５　電磁的記録に係る重加算税の加重措置
（1）期限後申告等の内容に「隠蔽仮装されていない事実」がある場合
（2）期限後申告等の内容が「隠蔽仮装された事実」のみである場合
６　電磁的記録に係る重加算税の加重措置の特例（除外措置）
（1）除外措置の対象となる特定電磁的記録の保存の要件
（2）特定電子計算機処理システムの意義
（3）除外措置に係る届出
７　ｅ―文書通則法の適用除外


第２編　問答編

＜国税関係帳簿書類の電磁的記録又はCOMによる保存制度・優良な電子帳簿保存制度＞
Ⅰ　制度の概要
〔Ｑ1〕国税関係帳簿書類の電磁的記録又はCOMによる保存制度の概要
〔Ｑ2〕優良な電子帳簿保存制度（優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置）の概要

Ⅱ　制度の内容
１　対象帳簿書類
〔Ｑ3〕電磁的記録又はCOMによる保存制度の対象となる国税関係帳簿書類の具体的内容
〔Ｑ4〕優良な電子帳簿保存制度（優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置）の対象となる国税関係帳簿の具体的内容
２　電磁的記録若しくはCOMによる保存等又は優良な電子帳簿の保存等の要件等
（1）総論
〔Ｑ5〕電磁的記録若しくはCOMによる保存等又は優良な電子帳簿の保存等の要件の全体像
〔Ｑ6〕電磁的記録又はCOMによる保存等を行う国税関係帳簿書類の単位
（2）電磁的記録による保存等
〔Ｑ7〕備付けを要するシステム関係書類の具体的内容
〔Ｑ8〕可視性確保のための電子計算機、プリンタ等の設置
〔Ｑ9〕外部委託等をしている場合の電磁的記録を保存する場所及び電子計算機、プリンタ等の設置場所
〔Ｑ10〕見読可能装置（ディスプレイ）に係る「整然とした形式及び明瞭な状態」の具体的内容
〔Ｑ11〕電磁的記録の可視性（見読可能装置の備付け）の保存期間中における維持
〔Ｑ12〕電磁的記録の提示又は提出の要求（ダウンロードの求め）
〔Ｑ13〕国税関係帳簿書類を電磁的記録等により保存等を行う場合の保存期間
〔Ｑ14〕令和3年度税制改正前の電磁的記録又はCOMによる保存等の要件による保存等　
〔Ｑ15〕市販の会計ソフトの要件適合の確認
〔Ｑ16〕記帳代行業者へ電子計算機処理を委託することの可否
〔Ｑ17〕国税関係書類を電磁的記録で作成して保存する場合の保存時期
〔Ｑ18〕途中で電磁的記録等による保存等をやめた場合の電磁的記録等の取扱い
（3）COMによる保存等
〔Ｑ19〕電磁的記録による保存からCOMによる保存への移行の類型
（4）優良な電子帳簿の保存等
〔Ｑ20〕優良な電子帳簿の保存期間
〔Ｑ21〕優良な電子帳簿保存制度（優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置）
〔Ｑ22〕優良な電子帳簿保存制度（優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置）の対象となる過少申告の範囲
〔Ｑ23〕優良な電子帳簿保存制度（優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置）の適用が除外される「隠蔽し、又は仮装」の意義
〔Ｑ24〕優良な電子帳簿保存制度（優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置）の適用を受ける旨等を記載した届出書の提出時期
〔Ｑ25〕合併又は営業譲渡があった場合の優良な電子帳簿保存制度（優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置）等の適用
〔Ｑ26〕主な国税関係帳簿書類に係る納税地等
〔Ｑ27〕届出書の提出先
〔Ｑ28〕所轄外税務署長を経由した届出書の提出の可否
〔Ｑ29〕国税関係帳簿に係る電磁的記録の訂正・削除・追加の事実等が確認できるシステムの具体的内容
〔Ｑ30〕電磁的記録による保存等を行う場合における各帳簿間での記録事項の相互関連性の確保の具体的内容
〔Ｑ31〕電磁的記録による保存等を行う場合における検索機能の確保の具体的内容
〔Ｑ32〕COMによる保存を行う場合における「書面の並行保存」の可否
〔Ｑ33〕COMによる保存を行う場合における検索機能の確保の具体的内容
〔Ｑ34〕当初3年間保存する電磁的記録に対する調査
〔Ｑ35〕システム変更を行った場合の取扱い
〔Ｑ36〕電子帳簿保存の承認を受けている国税関係帳簿についての優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置の適用

＜スキャナ保存制度＞
Ⅰ　制度の概要
〔Ｑ37〕スキャナ保存制度の概要

Ⅱ　制度の内容
１　対象書類
〔Ｑ38〕スキャナ保存制度の対象となる国税関係書類の具体的内容
〔Ｑ39〕過去分の国税関係書類のスキャナ保存の可否
２　スキャナ保存の要件
（1）総論
〔Ｑ40〕スキャナ保存の要件の全体像
〔Ｑ41〕要件に従ってスキャナ保存が行われていない場合の国税関係書類に係る電磁的記録の保存措置
（2）スキャナ保存の要件
〔Ｑ42〕スキャナの具体的内容
〔Ｑ43〕私物であるスマートフォン等の利用の可否
〔Ｑ44〕入力要件の具体的内容
〔Ｑ45〕入力の具体的内容
〔Ｑ46〕業務処理サイクル方式における「通常の期間」の判定
〔Ｑ47〕タイムスタンプの具体的内容
〔Ｑ48〕タイムスタンプの要件適合の確認
〔Ｑ49〕タイムスタンプをまとめて付すことの可否
〔Ｑ50〕ヴァージョン管理（訂正・削除の事実を確認できるシステム又は訂正・削除を行うことができないシステム）の具体的内容
〔Ｑ51〕タイムスタンプを付す代わりの要件
〔Ｑ52〕帳簿書類間の相互関連性の確保の具体的内容
〔Ｑ53〕4ポイントの文字認識の確保の具体的内容
〔Ｑ54〕4ポイントの文字認識の確認
〔Ｑ55〕スキャナ保存を行う場合に要する検索機能の確保の具体的内容
〔Ｑ56〕スキャナ保存を行う場合に備付けを要するシステム関係書類の具体的内容
〔Ｑ57〕「適時入力方式」による一般書類のスキャナ保存の要件の具体的内容
〔Ｑ58〕一般書類の具体的内容
〔Ｑ59〕過去分重要書類のスキャナ保存の具体的内容
〔Ｑ60〕過去分重要書類の具体的内容
〔Ｑ61〕一般書類及び過去分重要書類へのタイムスタンプの付与
〔Ｑ62〕一般書類及び過去分重要書類へタイムスタンプを付す代わりの要件
〔Ｑ63〕スキャナ保存を行う場合における「圧縮保存」の可否
〔Ｑ64〕災害その他やむを得ない事情に係る宥恕措置の適用対象
〔Ｑ65〕災害その他やむを得ない事情に係る宥恕措置の効果
〔Ｑ66〕過去分重要書類の保存に係る災害その他やむを得ない事情に係る宥恕措置の適用　

＜電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存制度＞
〔Ｑ67〕電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存制度の概要
〔Ｑ68〕電磁的記録を保存することが必要となる取引情報の具体的内容
〔Ｑ69〕電子取引の取引情報の保存場所及び保存年数
〔Ｑ70〕電子取引の取引情報の保存方法
〔Ｑ71〕電子メールの保存方法について
〔Ｑ72〕ファクシミリの取扱いについて
〔Ｑ73〕電子メールの保存範囲
〔Ｑ74〕クラウドサービスを利用した受領について
〔Ｑ75〕スマホアプリによる決済を利用した受領について
〔Ｑ76〕従業員による電子データの受領について
〔Ｑ77〕各税目の保存義務者ごとの電子取引で授受したデータの保存方法の違いについて　
〔Ｑ78〕特別な請求書等保存ソフトを使用していない場合の電子取引で授受したデータの保存方法について
〔Ｑ79〕「正当な理由がない訂正及び削除の防止に関する事務処理の規程」について
〔Ｑ80〕検索機能の確保の要件について
〔Ｑ81〕検索機能の確保の要件が不要とされる売上高基準の判断
〔Ｑ82〕検索機能の確保の要件が不要とされる提示・提出の要求に応じること
〔Ｑ83〕ソフトウェアの要件確認
〔Ｑ84〕「相当の理由」がある保存義務者に対する猶予措置
〔Ｑ85〕猶予措置における「相当の理由」について
〔Ｑ86〕猶予措置における電磁的記録及びその電磁的記録を出力することにより作成した書面の提示又は提出の要求に応じることの意義電磁的記録等に対する各税法の適用
〔Ｑ87〕各税法の記帳・記録保存義務への影響
〔Ｑ88〕電磁的記録又はCOMに対する各税法の規定の適用
〔Ｑ89〕電磁的記録若しくはCOMによる保存等又はスキャナ保存及び電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存の要件違反と青色申告等の承認取消し
〔Ｑ90〕スキャナ保存を行う場合の仕入税額控除の可否
〔Ｑ91〕電磁的記録に係るバックアップの要否
〔Ｑ92〕税務調査における出力費用の負担
〔Ｑ93〕電磁的記録に係る重加算税の加重措置の概要
〔Ｑ94〕電磁的記録に係る重加算税の加重措置の対象範囲
〔Ｑ95〕電磁的記録に係る重加算税の加重措置と国税通則法上の重加算税の加重措置の重複適用
〔Ｑ96〕電磁的記録に係る重加算税の加重措置の特例（除外措置）の概要
〔Ｑ97〕特定電磁的記録について
〔Ｑ98〕電磁的記録に係る重加算税の加重措置の特例（除外措置）の対象となる特定電磁的記録の保存の要件（特定電子計算機処理システムを使用した真実性の確保（改ざん防止の確保）の要件）
〔Ｑ99〕電磁的記録に係る重加算税の加重措置の特例（除外措置）の対象となる特定電磁的記録の保存の要件（記帳の適正性確保の要件）
〔Ｑ100〕電磁的記録に係る重加算税の加重措置の特例（除外措置）の対象となる特定電磁的記録の保存の要件（相互関連性の確保の要件）
〔Ｑ101〕電磁的記録に係る重加算税の加重措置の特例（除外措置）の対象となる特定電磁的記録の保存の要件（特定電子計算機処理システムを使用した保存等の確認の要件）
〔Ｑ102〕特定電子計算機処理システム
〔Ｑ103〕Peppolインボイスの受領・発行について
〔Ｑ104〕電磁的記録に係る重加算税の加重措置の特例（除外措置）の適用関係


第３編　関係法令等

■　電子帳簿保存法・同法施行令・同法施行規則三段対照表
■　電子帳簿保存法告示
〇　電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則第２条第６項第４号ニに規定する国税庁長官が定めるところ（平成17年国税庁告示第３号）【最終改正　令和５年国税庁告示第7号】
〇　電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則第２条第７項に規定する国税庁長官が定める書類（平成17年国税庁告示第４号）【最終改正　令和８年国税庁告示第15号】
〇　電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則第５条第１項に規定する財務大臣の定める取引に関する事項（令和５年財務省告示第93号）【最終改正　改正なし】
〇　電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律施行規則第５条第５項第１号の規定に基づき、同号に規定する国税庁長官の定める基準（令和７年国税庁告示第２号）【最終改正　改正なし】
■　電子帳簿保存法取扱通達
　　電子帳簿保存法取扱通達の制定について（平成10年5月28日付課法５−４ほか６課共同）【最終改正　令和７年６月27日付課総５−15ほか７課共同】