達人直伝　マイクロバイオーム研究実践プロトコール

【目次】
序

1章　マイクロバイオーム研究をはじめる前に考えること
1　ヒトマイクロバイオーム研究の全体像
2　データベースの意義とその整備
3　細菌の分類と命名

2章　腸内微生物叢のマイクロバイオームデータの生産
1　微生物叢DNAの抽出技術の開発状況および酵素法プロトコール
2　腸内細菌叢DNAの抽出技術（ビーズ法プロトコール）およびライブラリ調製
3　腸内細菌叢を対象とした16SrRNA遺伝子のアンプリコンとメタゲノムの情報解析
4　腸内常在性ファージの解析・宿主細菌との相互作用
5　腸内環境の代謝オミクス分析・解析
6　腸内真菌叢のマイクロバイオーム解析

3章　その他の微生物叢のマイクロバイオームデータの生産
1　皮膚細菌叢のマイクロバイオーム解析
2　唾液微生物叢のショットガンメタゲノム解析
3　ロングリードを用いたヒトマイクロバイオームの染色体外エレメントの解析
4　古代サンプルのマイクロバイオーム解析

4章　細菌株の性質の解析
1　菌株単離・培養と選定・釣菌，保存

5章　マイクロバイオームデータの関連解析
1　ヒト遺伝子一塩基多型（SNP）とマイクロバイオームの関連解析
2　環境因子（食事，生活習慣，薬剤）や疾患とヒトマイクロバイオームの関連解析

達人への一歩
①定期的な精度管理を，その1
②定期的な精度管理を，その2
③定期的な精度管理を，その3
④ウイルス（ファージ）叢の構成比について
⑤メタゲノムデータのなかから真核生物由来のDNAを検出する手法
⑥古代DNA解析への道のり