深川の化粧堀で、遊女と情夫が無礼討ちにされた。下手人は、大身旗本の次男坊・戸田堯之進。旗本相手では、大番屋支配の大滝練蔵といえども容易に手出しはできない。しかも堯之進らは「深川水軍」と称し、水路を封鎖して入船代を強要、船や人を奪う無法を働き始める。

対峙を試みるも支配違いの壁に阻まれた練蔵は、色街の顔役・河水の藤右衛門の助力を得て駕籠による迂回策を講じ、さらに目付に訴えるべく悪業の証拠集めに奔走する。だが同心たちは腰が引け、事態は解決に向かわなかった。

そんな折、遊女の失踪が相次ぎ、舟饅頭による新たな搾取の疑いが浮上する。水路を掌握した深川水軍に対し、追い詰められた練蔵が放つ一手とはーー剣客捕物帳、緊迫の第四弾！！