アフリカ系とヒスパニック系の両親に育てられ、現在はルームメイトたちと共に学生寮に暮らす、マイルス・モラレス。
13歳の頃、遺伝子改造された蜘蛛に咬まれてスーパーパワーを得た彼は“親愛なる隣人”スパイダーマンとなって、今日も愛するホームタウンを飛び回る！　
ある日、マイノリティの幼い子供ばかりを狙った連続誘拐事件が発生。
捜査に乗り出したマイルスは、事件の背後で暗躍するヴィランたちと対決することとなるのだが……
それはおぞましい陰謀の始まりにすぎなかった。彼は罪なき子供たちを取り戻すことができるのか!?