シビル・ウォーⅡの戦いで昏睡状態に陥ったトニー・スタークは、複製した自身の肉体に精神を移植し、復活を果たす。
しかし、やがて彼は自分はオリジナルのトニーのシミュレーションに過ぎないのではないかとの疑念を抱き、苦悩するようになる……。
一方でトニーの義理の兄アルノは、現在のトニーの肉体は、アルノの会社の施設を利用して造られた以上、自社の所有物であると主張。
アイアンマン・アーマーを含むトニーの全てを奪い取った！　
こうしてアルノが新たなアイアンマンを名乗る一方、全てを失ったトニーは何処かへと行方をくらますのだが!?