行方不明になったアーロの偵察命令を受け
双晶の森に向かったハルト一行。
龍の襲撃を受け途中ではぐれたザックや
魔力を封じられていたアーロとは無事に合流。
新しい仲間ユウキとも出会うが、
龍を狙う謎の組織コルヴォと戦闘になる。
激戦の末彼らの動きを阻止することには成功するものの、
親龍は子龍に人間化の封印をかけて息絶えてしまう。
一方、その戦闘で闇属性の魔法攻撃を受けたリョータは
ログアウトした以来ゲームに戻ってこず
現実世界でもbotのままになっていた。
クライシスフロンティアの謎が深まる中、
それぞれの目的を抱いて世界がまた動き始める。