史上最強の砲である電磁加速砲を装備し、アンクルドデッキを有する空母型統合護衛艦『やまと』は、国産ステルス機やドローンを搭載したまま、令和から昭和世界へと時空転移する。

終戦間際の昭和日本の海軍を助けた海自艦隊は、Ｂ−29の発進基地を壊滅すべく出撃。敵基地とともに二〇〇〇機以上のＢ−29が灰塵と化す。窮地に陥った米国と連合各国に対し、日本政府が即時停戦と講和を申し出たことにより束の間の平穏が訪れるが、水面下では原爆開発に成功した米国が暗躍をはじめる。一方、海自艦隊も負けじと隠密裏の作戦を開始するのだが……。

一触即発の日米関係が織りなす運命のうねりとは!?