第１章海面養殖魚（36種）
ブリ/カンパチ/マダイ/ギンザケ/クロマグロ/ヒラマサ/シマアジ/マアジ/ヒラメ/トラフグ/マアナゴ/サクラマス/サツキマス/ベニザケ/マスノスケ/クロウミウマ/メバル類/ウスメバル/クロソイ/オニオコゼ/マハタ/クエ/キジハタ/ヤイトハタ/タマカイ/スジアラ/スギ/ハマフエフキ/シロギス/オオニベ/メジナ/マサバ/スマ/ホシガレイ/カワハギ/ウマヅラハギ

第２章内水面養殖魚（17種）
ニホンウナギ/ニジマス/アユ/コイ/チョウザメ（ベステル種）/ゲンゴロウブナ（カワチブナ）/ホンモロコ/ドジョウ/ナマズ/シナノユキマス/イトウ/イワナ/ヤマメ/アマゴ/ビワマス/ヒメマス/ペヘレイ

第３章甲殻類（４種）
クルマエビ/バナメイエビ/ウシエビ/オニテナガエビ

第４章貝類（13種）
ホタテガイ/マガキ/エゾアワビ/イガイ/ムラサキイガイ/イワガキ/シカメガキ/トリガイ/エゾイシカゲガイ/アサリ/アコヤガイ/クロチョウガイ/イケチョウガイ

第５章藻類（７種）
ノリ/ワカメ/コンブ類/オキナワモズク/クビレヅタ（海ぶどう）/スジアオノリ/ヒジキ

第６章その他魚介類（12種）
マボヤ/エゾバフンウニ/バフンウニ/キタムラサキウニ/アカウニ/シラヒゲウニ/ムラサキウニ/マナマコ/ハネジナマコ/イシナマコ/オオクリイロナマコ/ニホンスッポン

第７章放流用種苗生産種・試験研究対象種（54種）
サケ/カラフトマス/ニシン/マダラ/カサゴ/アカアマダイ/シロアマダイ/クロダイ/アイナメ/ハタハタ/サワラ/マツカワ/カタクチイワシ/サバヒー/シシャモ/キュウリウオ/ワカサギ/チカ/オショロコマ/コマイ/ニホンイトヨ/サヨリ/サンマ/キチジ/アカムツ/ヒゲソリダイ/トウガレイ/クロガレイ/クロガシラガレイ/エゾバイ/エゾボラ/タイラギ/ヤマトシジミ/セタシジミ/ウバガイ/ミルクイ/ハマグリ/チョウセンハマグリ/ウミタケ/アゲマギガイ/マダコ/ミズダコ/ヤナギダコ/アオリイカ/ミネフジツボ/アカフジツボ/ヨシエビ/ホッカイエビ/イセエビ/タラバガニ/ハナサキガニ/ノコギリガザミ類/ガザミ/モクズガニ

第８章絶滅危惧種の保護（14種）
カワヤツメ/シベリアヤツメ/ヤチウグイ/ミヤコタナゴ/イセタンパラ/ホトケドジョウ/エゾホトケドジョウ/ギバチ/ミナミメダカ/ヤマノカミ/カマキリ（アユカケ）/ニホンザリガニ/ヤシガニ/オカヤドカリ類

第９章餌料生物（４種）
海産微細藻類/シオミズツボワムシ/アルテミア/淡水ミジンコ