分離菌株が同じ由来であるか否かを判定することは，アウトブレイクの検知，感染源の特定や伝播様式の探索のために重要である。近年，病院検査室や外注検査所での実施が容易になったPOT法が, MRSA，緑膿菌，アシネトバクター，ディフィシル菌などのタイピングで活用されている. また, MLST法も普及し、その他に遺伝子型別法としては， VNTR法が結核菌で利用されている. 本特集では感染対策や疫学調査に活用した具体的な事例をあげ,専門の先生方が新たな分子疫学解析法の原理や特徴を概説している.